Selepas perang, penyelidikan perubatan Australia disusun semula secara substansial, tetapi Fairley bergabung dengan barisan saintis perubatan kanan Australia yang menghabiskan sisa kehidupan profesional mereka di Britain. Di London dia menjadi pakar perubatan perunding ke Hospital untuk Penyakit Tropika dan Profesor Wellcome Perubatan Tropika di London School of Hygiene and Tropical Medicine. Penyelidikan awal perang beliau adalah kesinambungan dari pekerjaannya pada masa perang mengenai malaria.[36] Dia jatuh sakit pada tahun 1948 dan kesihatannya merosot setelah itu, memaksanya untuk mengundurkan diri sebagai profesor. Dia mengekalkan amalannya dan menganggotai banyak jawatankuasa, menjadi "negarawan tua" perubatan tropika.[37] Sebagai penghargaan atas perkhidmatannya terhadap perubatan tropika, dia dilantik sebagai Komandan Kesatria Perintah Kerajaan Britain pada 8 Jun 1950.[38]

Kesihatan Fairley yang merosot mendorongnya untuk meninggalkan London dan pindah ke The Grove, Sonning, Berkshire, tempat dia meninggal pada 19 April 1966, dan dikebumikan di kuburan St Andrew's Church, Sonning. Dia diselamatkan oleh isterinya dan dua anak lelaki mereka, yang merupakan doktor perubatan, dan juga anak lelaki perkahwinan pertamanya, yang telah menjadi pegawai Tentera Australia. Anaknya Gordon Hamilton-Fairley, ahli onkologi terkenal, terbunuh oleh bom Tentera Republik Ireland Sementara pada 22 Oktober 1975.[39]

Sir William Dargie melukis potret Fairley pada tahun 1943, yang merupakan milik keluarga Fairley. Potret tahun 1960 oleh Dargie, bersama-sama dengan gambar 1945 oleh Nora Heysen, ada di Tugu Peringatan Perang Australia. Keduanya tidak dipamerkan, walau bagaimanapun yang terakhir dapat dilihat dalam talian.[40][41] Potret Dargie 1954 dari Ratu Elizabeth II yang dilukis semasa Dargie tinggal di rumah Fairley di 81 Duke Street, Grosvenor Square, di London, dan kemudian diberikan kepada Fairley lalu dijual secara lelongan ke Muzium Nasional Australia pada tahun 2009 dengan harga $120,000.[42][43] Kertas kerja Fairley terdapat di Perpustakaan Basser di Akademi Sains Australia dari tahun 1975 hingga 2019.[44] Pada bulan November 2019 mereka dipindahkan ke Memorial Perang Australia. Dia diperingati oleh Neil Hamilton Fairley Fellowship Klinikal Luar Negara, yang memberikan latihan sepenuh masa di Australia dan luar negara dalam bidang penyelidikan klinikal termasuk sains sosial dan tingkah laku.[45]